Programski svet je stalni strokovno-posvetovalni organ uprave, ki na podlagi pobud uprave, zbora ustanoviteljev oziroma ustanoviteljev ali na lastno pobudo aktivno sodeluje v pripravah in izvajanju načrtov in programov del Ustanove in njenih posameznih nalog ter projektov.
Dosedanji predsedniki:
- akademik dr. Anton Vratuša (1996-2006)
- prof. dr. Etelka Korpič Horvat (2006-2010)
- dr. Slavica Tovšak (2010-2014)
- mag. Franc Kuzmič (2014-2018)
- dr. Klaudija Sedar (2018- )
Člani Programskega sveta pa so:
- Stanka Dešnik
- Stojan Habjanič
- Ferenc Hajoš
- dr. Cvetka Hedžet Toth
- Jožef Horvat Muc
- akad. dr. Marko Jesenšek
- dr. Vera Klopčič
- Irena Kumer
- Karel Lipič
- dr. Uroš Lipušček
- Filip Matko Ficko
- dr. Albina Nečak Luk
- dr. Martin Premk
- Mateja Sajovic
- Marija Štesl
- Irena Štuhec
- mag. Mladen Tancer
- Jože Vidič