Poleti 2000 je v Vrtu raslo skupno 547 dreves in grmov oziroma 255 raznih vrst in sort drevnin. Popise stanja v skladu z mednarodno strokovno metodologijo je doslej že večkrat opravil dolgoletni gospodar Vrta, prof. dr. Aleksander Šiftar. Zaradi neurij v letih 2008. in 2009. in še drugih razlogov (suša, bolezni) se je število drevnin v zadnjih letih nekoliko zmanjšalo – na okrog 500.
Drevnine so opremljene z kovinskimi tablicami s slovenskimi in latinskimi imeni.
Pregled drevninskega fonda – stanje : popis 2004 in Popis drevnin 2010 (opomba: številke v posebni koloni označujejo mesto posamezne drevnine v detaljnem situacijskem načrtu Vrta); oba je pripravil prof. dr. A. Šiftar.
V minulih letih, še zlasti ob tradicionalnih majskih mladinskih prireditvah, je bil Vrt obogaten z vrsto novih, spominskih drevnin.
V 2011 se je začela priprava digitalnega posnetka celotnega stanja v Vrtu, kot podlaga za izdelavo dopolnitev oziroma sprejem novega Razvojnega načrta Vrta in njegovo vsestransko revitalizacijo.