Enajst ustanoviteljev je 5. julija 1996 pred notarjem v Murski Soboti slovesno podpisalo notarski zapis in sprejelo Akt o ustanovitvi; njim so se kot soustanovitelji kasneje pridružili še nekateri, nazadnje, v letu 2011, občine Lendava, Ljutomer in Radenci.
Ustanovitelji Ustanove dr. Šiftarjeva fundacija so:
- dr. Ivan Vanek Šiftar z družino,
- ZRC SAZU,
- Univerza v Mariboru,
- Zveza združenj borcev in udeležencev NOB v Ljubljani,,
- Občina Cankova,
- Občina Dobrovnik,
- Občina Gornja Radgona,
- Občina Moravske toplice,
- Občina Puconci,
- Občina Tišina,
- Mestna občina Murska Sobota,
- Občina Lendava,
- Občina Ljutomer,
- Občina Radenci,
- Zavarovalnica Triglav d.d. OE Murska Sobota
Nekateri prvotni ustanoitelji so se umaknili iz kroga ustanoviteljev:
Mura d.d.
Radenska d.d.
NLB d.d.