Programski svet je stalni strokovno-posvetovalni organ uprave, ki na podlagi pobud uprave, zbora ustanoviteljev oziroma ustanoviteljev ali na lastno pobudo aktivno sodeluje v pripravah in izvajanju načrtov in programov del Ustanove in njenih posameznih nalog ter projektov.
Dosedanji predsedniki:
- akademik dr. Anton Vratuša (1996-2006)
- prof. dr. Etelka Korpič Horvat (2006-2010)
- dr. Slavica Tovšak (2010-2014)
- mag. Franc Kuzmič (2014-2018)
- dr. Klaudija Sedar (2018- )
Člani Programskega sveta pa so:
-Stanka Dešnik
-Stojan Habjanič
-Ferenc Hajoš
-Dr. Cvetka Hedžet Toth
-Jožef Horvat Muc
-akad. dr. Marko Jesenšek
-dr.Vera Klopčič
-Irena Kumer
-Karel Lipič
-Dr. Uroš Lipušček
-Filip Matko Ficko
-Dr. Albina Nečak Luk
-dr. Martin Premk
-Mateja Sajovic
-Marija Štesl
-Irena Štuhec
-Mag. Mladen Tancer
-Jože Vidič