Kot je nekoč zapisal dr. Vanek Šiftar, je Ustanova dr. Šiftarjeva fundacija posebna zato, ker služi dvojnemu namenu: varstvu kulturne in naravne dedišcine, še posebej ohranitvi in razvoju Vrta spominov in tovarištva, ter uresničevanju znanstveno-raziskovalnih ciljev, tesno povezanih s kulturno dejavnostjo.
Podpiranje, spodbujanje in izvajanje znanstveno-raziskovalnega dela je temeljnega pomena tako na mednarodni in nacionalni kot tudi na regionalni ravni. Pomen manjših raziskovalnih centrov je vse večji, saj ti niso pomembni samo z vidika razprševanja znanstveno-raziskovalne dejavnosti in znanja na lokalna središca, ampak tudi zaradi večjega poznavanja lokalnih značilnosti in posebnosti, ki lahko pripomorejo h hitrejšemu in učinkovitejšemu lokalnemu razvoju.
Ustanova dr. Šiftarjeva fundacija ima zaradi dolgoletnega truda dr. Vaneka Šiftarja, njegovih kolegov, soustanoviteljev in akademskih somišljenikov ter zavzetosti donatorjev odlične možnosti za povezovanje kulturnih, umetniških in znanstveno-raziskovalnih dejavnostih v Prekmurju. Med slednjimi Ustanova še posebej podpira tiste s področja zgodovine, narodopisja, biologije, geografije, arheologije, ekologije in drugih, ob upoštevanju multikulturne vloge, obmejne lege in razvoja regije na obeh straneh Mure.
Prekmurje je ena od slovenskih pokrajin, za katero je značilno, da njeni ljudje vse od začetka povečane mobilnosti v Evropi iščejo kruh v sosednjih pokrajinah ali celo v tujini. V času migracij v Združene Države Amerike so bili ravno Prekmurci med najpogostejšimi slovenskimi migranti, kasneje, v času visoke moderne dobe, pa so predstavljali najštevilčnejšo skupino sezonskih delavcev v Zvezni republiki Nemčiji in Avstriji. Danes je teh migracij sicer manj, vendar se visoko izobraženi strokovnjaki še vedno skoraj praviloma znajdejo v enem od dveh znanstveno-raziskovalnih centrov v Ljubljani ali Mariboru.
Zato ustanove kot je Ustanova dr. Šiftarjeva fundacija predstavljajo enega najboljših načinov za vzpodbujanje vsestranskega regionalnega razvoja. Tako uresnicuje delo dr. Vaneka Šiftarja, ki je, ne glede na svojo osnovno pravno izobrazbo, ogromno prispeval k poznavanju zgodovine pokrajine, njenega kulturnega in družbenega razvoja, zaslužen pa je tudi za tematizacijo medkulturnih in mednacionalnih odnosov v Prekmurju.
Prvo mednarodno znanstveno srečanje je Ustanova organizirala v novembru 1999 na temo: »Protestantizem – zatočišče izgnanih na Petanjcih«. Idejo zanj je gojil še ob ustanavljanju Ustanove njen ustanovitelj dr. Vanek Šiftar. Aktivno je sodeloval pri njegovih pripravah, žal pa se zaradi že zelo poslabšanega zdravja srečanja ni mogel več udeležiti.O tem prvem znanstvenem srečanju je Zstanova izdala tudi svojo prvo monografijo. Srečanje in izid monografije je omogočila EU preko svojega takratnega PHARE programa.
V 2013 pa so organi Ustanove začeli , v sodelovanju Protestanskim društvom Primož Trubar in nekaterimi drugimi ustanovami,pripravljati mednarodno znanstveno srečanje “Protestantizem II” ( delovni naslov), ki bi naj pomenil določeno retrospektivo za minulih petnajst let in priložnost za obravnavo aktualnih vprašanj na tem področju.
Ustanova je sama ali v sodelovanju z različnimi strokovnimi in znanstveno-raziskovalnimi ustanovami iz Slovenije in mednarodnega okolja organizirala doslej več kot 10 širših strokovnih in znanstvenih srečanj. Prvemu, novembra 1999 so tako sledila srečanja/okrogle mize ali simpoziji o sezonstvu in izseljenstvu v panonskem prostoru, Avgustu Pavlu, o tematiki pravo-država-narod, o romski problematiki, izbrani problematiki varovanje naravne dediščine, identitete prekmurskega in panonskega prostora, prekmurski narečni slovstveni ustvarjalnosti.
Ustanova je doslej sklenila več dogovorov o sodelovanju, s/z ZRC SAZU, Inštitutom za narodnostna vprašanja, RRA Mura, JZ Krajinski park Goričko, več šolami.
Aktivno sodeluje s PAZU in drugimi sorodnimi ustanovami.